La creación del Fomes en 1990 constituyé una de las estrategias más importantes del gobierno federal para impulsar reformas estructurales en las IES por la vía del condicionamiento y racionalización del presupuesto asignado a las Universidades. Con ello se pretendía modernizar y mejorar la calidad del sistema de educación superior, al mismo tiempo que se sujetaba a las restricciones que exigía la crisis Económica en la que se encontraba el país. El presente trabajo es un estudio sobre los impactos del Fomes como política de financiamiento y sus efectos en los indicadores de calidad en la Universidad de Guadalajara, en particular en tres departamentos del Centro Universitario de Ciencias Exactas e Ingeniería, durante el período de 1996 a 2001. así mismo, pretende ser un aporte al análisis de los efectos de políticas, y un intento por contribuir al debate sobre su pertinencia y la necesidad de indagar una visión distinta de la calidad desde la perspectiva de la misión social de la universidad.